Il cipresso calvo, detto anche cipresso di palude, appartiene alla famiglia delle Taxodiacee ed è una conifera originaria delle zone paludose della Florida e del Golfo del Messico, dove il Mississippi sfocia diramandosi in innumerevoli canali. Nelle zone a lungo inondate, dove l'acqua raggiunge livelli considerevoli, si insediano foreste miste di latifoglie sempreverdi e decidue e di aghifoglie decidue, tra le quali figurano due specie del genere Taxodium.

Si tratta di un albero maestoso, che può raggiungere un'altezza di 40 metri, con il tronco dalla corteccia bruno-rossastra, dilatato alla base, chioma strettamente piramidale e foglie che in autunno, ancora attaccate ai rametti più giovani, cambiano colore e arrossano prima di cadere, ricoprendo il terreno circostante. La principale caratteristica è data però dalle radici, che sono piantate profondamente nel fango stagnante, poco o per niente ossigenato; da esse sporgono alcune ramificazioni  al di sopra del normale livello dell'acqua (anche ad una certa distanza dal tronco), per un’altezza che talvolta raggiunge i due metri: i pneumatofori, o meglio pneumatorizze. I pneumatofori hanno una struttura anatomica specializzata, con pori nella corteccia (lenticelle) che permettono all'aria di entrare e circolare all'interno della radice. Per queste sue caratteristiche il cipresso calvo è molto comune in parchi e giardini, anche storici, della pianura padana, spesso sito sul bordo di canali, stagni e laghetti, da cui lascia sporgere le singolari radici respiratorie.

Nelle formazioni forestali in cui vive spontaneo, i rami del cipresso calvo, come quelli delle altre piante, sono inghirlandati da ciuffi e festoni penduli di "muschio spagnolo" (Tillandsia usneoides L.), che costituiscono la sua unica decorazione nel periodo invernale. Nonostante il nome, non si tratta di un muschio, ma di una Bromeliacea epifita a fusticini sottili e flessibili (utilizzati secchi come sostituto del crine animale). Vari rappresentanti di questa famiglia, a cui appartengono anche l'ananas e varie specie ornamentali, si possono osservare nel periodo invernale nella serra indicata appunto come “serra delle Bromeliacee”.

Si trovano nell'Orto botanico patavino alcuni vetusti individui di cipresso calvo: uno nel settore delle piante dei Colli Euganei, presso la porta sud, e tre presso il ponte di ingresso (ponte delle priare), lungo il canale, dove sono evidenti i pneumatofori. Sempre presso il canale, un quarto individuo si differenzia leggermente dagli altri per la forma più rotondeggiante (e non ovale) delle pigne coriacee (galbuli); esso appartiene ad una specie diversa: Taxodium ascendens Brongn.

In prossimità del ponte d'ingresso, accanto ai cipressi calvi, vive una annosa pianta di criptomeria, o cipresso del Giappone (Cryptomeria japonica G. Don), una Taxodiacea che nella zona centrale delle isole nipponiche entra a far parte delle foreste di clima umido della fascia temperato fredda, prevalentemente di faggio con querce, frassini, aceri e sorbi. Questo esemplare riveste un particolare interesse storico perché costituisce il primo introdotto in Italia, nel 1850. Oggi questo albero colonnare, dalla corteccia bruno-rossastra e dalla chioma piramidale, è coltivato soprattutto nell'Italia meridionale per rimboschimento; esso è però frequente anche in molti giardini e parchi, dove è particolarmente apprezzatao per il fatto che le foglie, aghiformi e persistenti, cambiano di colore con le stagioni passando dal verde chiaro al verde glauco, fino al violetto durante l'inverno. Il suo polline risulta altamente allergenico.

Le Taxodiacee costituiscono una delle più interessanti famiglie di conifere, i cui fossili risalgono a circa 150 milioni di anni fa; attualmente è rappresentata da specie a distribuzione ampliamente dispersa, che sono i resti di popolazioni molto più diffuse nel terziario. Sono caratterizzate dalla presenza di foglie aghiformi o squamiformi, persistenti o decidue, inserite a spirale sui rami e di strobili lignificati. Le piante decidue (Taxodium e Metasequoia) hanno le foglie inserite su brevi rami laterali, brachiblasti, assieme ai quali cadono in autunno, a loro volta portati da rami normali.

Nell'Arboretum sono presenti anche due Taxodiacee che sono da considerare, come già ginkgo e metasequoia, due fossili viventi: la sequoia sempreverde [Sequoia sempervirens (D.Don) Endl.] e la sequoia gigante [Sequoiadendron giganteum (Lindl.) Buchholz]. La sequoia sempreverde, dal legno rossastro e molto pregiato, è una delle specie tipiche delle foreste miste a latifoglie decidue della costa occidentale degli U.S.A., dalla California all'Oregon, dove è protetta dalle basse temperature per la vicinanza con l'oceano ed è rifornita di acqua dalle nebbie, frequenti nella zona anche durante la siccità estiva. Forma boschi spettacolari, molti dei quali protetti, impressionanti soprattutto quando gli alberi sono abbondanti e ravvicinati in superbi colonnati – veri monumenti vegetali – la cui cima si perde nel cielo. È una specie molto longeva (l'individuo più vecchio supera i 2200 anni) che, assieme agli eucalipti, può raggiungere le massime altezze del regno vegetale (110-115 e fino a 137 m).

La sequoia gigante forma boschi maestosi nei parchi posti sul versante occidentale della Sierra Nevada, in California (Yosemite National Park e Sequoia National Park). È un albero molto imponente e leggermente meno longevo della sequoia sempreverde (anche se vari individui superano i 1500 anni), che non raggiunge mai le altezze della precedente (al massimo 100m di altezza) ma ha un tronco molto più sviluppato alla base, che può superare i 12 m di circonferenza. Le due specie si distinguono nettamente per le caratteristiche delle foglie: lineari e piatte, verdi-giallastre sulla pagina inferiore e disposte in due file nella sequoia sempreverde; ovali e di dimensioni più contenute, disposte su tre file e di colore verde bluastro, che passa al bruno dopo due o tre anni, nella sequoia gigante. I coni femminili (le pigne) della sequoia sempreverde sono costituite da un ridotto numero di squame, sono eretti e a maturazione annuale, cui segue la dispersione dei semi. Nella sequoia gigante invece i coni sono di maggiori dimensioni, maturano in due anni (dal secondo diventano penduli senza aumentare in dimensioni) e, caratteristica unica tra le conifere, non si aprono per disperdere i semi, che così possono rimanervi inclusi anche 20 anni prima di germinare.

Nell'Arboretum, a ridosso del muro circolare esterno, a metà circa tra le porte sud e ovest, è presente una sequoia sempreverde centenaria, facilmente individuabile per la presenza di due grossi cavi che la sostengono: due fulmini l'hanno infatti colpita alla fine del 1900, privandola di una buona porzione della cima e compromettendone la stabilità. Si tratta di un albero tuttavia ancora piuttosto alto, che mantiene la caratteristica forma svettante poiché i rami sono poco espansi e la chioma si mantiene quindi piuttosto raccolta.

La sequoia gigante è invece rappresentata da un individuo presente nell'Arboretum, tra la porta sud e la porta est. Si tratta di un esemplare piuttosto giovane e quindi non ancora bene sviluppato; la sua presenza tuttavia è importante da un punto di vista didattico.